En las muestras que requieren estudios inmunohistoquímicos, puede emplearse la fijación con formol y la inclusión en parafina, pero es esencial seguir estrictamente las normas idóneas de fijación y procesado tisular para evitar pérdidas de antigenicidad, que puedan falsear los resultados. La fijación debe ser inmediata y con un volumen de fijador adecuado al volumen de la muestra, tal como se describe en el apartado de muestras tisulares.

Es muy importante la duración del proceso de fijación. En biopsias clínicas o endoscópicas, de pequeño tamaño, es suficiente un tiempo de fijación de entre 6 y 24 horas. Las muestras quirúrgicas, más voluminosas, requieren frecuentemente fijación más prolongada. El exceso de tiempo de fijación no altera la morfología tisular pero sí puede producir modificaciones a nivel molecular. Cuando deban efectuarse estudios moleculares nunca debe prolongarse más allá de lo necesario el período de fijación.

En el proceso de inclusión en parafina, es importante utilizar reactivos de buena calidad, renovarlos con frecuencia y controlar las temperaturas del procesado.

En la muestras óseas, que requieren decalcificación, debe evitarse emplear ácido nítrico, ya que provoca pérdidas importantes en la expresión antigénica. Puede reemplazarse, en muchos casos, por ácido fórmico u otros reactivos menos agresivos.

En caso de utilizar fijadores distintos al formol es importante notificarlo al laboratorio. También es necesario consultar con el laboratorio para la manipulación y fijación de muestras citológicas (frotis, líquidos) ya que requieren una metodología distinta de la habitual en los estudios de citodiagnóstico.