CÁNCER DE PULMÓN

Las mutaciones del gen KRAS presentes en el 20-30% de carcinomas de pulmón no microcíticos (NSCLC) se asocian a una mayor agresividad y a resistencia a tratamiento con inhibidores de la tirosina kinasa (TKIs). La presencia de estas mutaciones, es más frecuente en adenocarcinomas invasivos de alto grado, con componente mucinoso y necrosis.

La determinación simultánea de las mutaciones de KRAS y BRAF mediante amplificación selectiva de DNA genómico mutado e hibridación con sondas alelo-especificas, permite alcanzar una sensibilidad del 1-5% de copias de DNA mutadas, superior a la alcanzada con la técnica de secuenciación clásica (dideoxy) que está establecida entre 15-20%. La obtención de esta mayor sensibilidad tiene especial importancia en muestras con poca representación tumoral, como es el caso de biopsias pulmonares, o en tejidos que presentan un alto porcentaje de necrosis, componente mucinoso o infiltrado inflamatorio.

 

Descripción de la técnica:

Detección de deleciones, inserciones, inversiones y sustituciones en targeted-regions y hotspot  en 22 genes (EGFR, ALK, ERBB2, ERBB4, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, DDR2, KRAS, PIK3CA, BRAF, AKT1, PTEN, NRAS, MAP2K1, STK11, NOTCH1, CTNNB1, SMAD4, FBXW7 y TP53)  mediante secuenciación masiva.

Amplificación de librerías de DNA mediante PCR con el kit Oncomine Solid Tumour DNA. Cuantificación de las librerías con Ion Library TaqMan Quantitation Kit. PCR en emulsión, enriquecimiento de ISPs y carga del chip en Ion Chef System. Secuenciación masiva en Ion Personal Genome Machine (PGM) System. Análisis con IonReporter 5.2. ThermoFisher Scientific software.

 

Tipo de muestra: Tejido tumoral en parafina.