Natalia Rodon1, Yessica No Garbarino1, Montse Verdu1,2, Olga Diaz1, Esther Llaudet1, Juan Moya3, David Coroleu4, Pedro Barrios4, Mª Antonia Lequerica4, Joan Borras4, Sandra Mecho5, Ferran Bastart5, Javier Martinez-Agea5 y Xavier Puig1,2,6.
1BIOPAT. Biopatologia Molecular SL. Grup Assistència. Barcelona, Spain. 2HISTOPAT SL. Barcelona, Spain. 3Especialista Cirugía Torácica. Servicio de Cirugía. SCIAS-Hospital de Barcelona, Grup Assistència. Barcelona, Spain. 4Servicio de Cirugía. SCIAS-Hospital de Barcelona, Grup Assistència. Barcelona, Spain. 5Servicio Diagnóstico por la Imagen. SCIAS-Hospital de Barcelona, Grup Assistència. Barcelona, Spain. 6SCIAS-Hospital de Barcelona, Grup Assistència. Barcelona, Spain.
BACKGROUND
El análisis de DNA tumoral circulante (ctDNA), también conocido como biopsia líquida, se postula como un nuevo test con utilidad clínica potencial en las diferentes etapas evolutivas de las neoplasias malignas sólidas; permitiendo la caracterización molecular de tumores no biopsiables, la detección de progresión tumoral subclínica así como la monitorización de respuesta a tratamientos dirigidos y la detección de mutaciones de resistencia, entre otras aplicaciones. En nuestro laboratorio utilizamos técnicas de secuenciación masiva (NGS) para el estudio del perfil molecular de DNA y RNA, extraídos simultáneamente, de tejido parafinado de diferentes neoplasias sólidas. En el presente estudio analizamos la concordancia de las mutaciones detectadas entre el estudio de ctDNA y el del tejido tumoral parafinado (FFPE) analizado previamente, así como el rendimiento diagnóstico del estudio de ctDNA en un laboratorio de diagnóstico molecular.
DESIGN
Estudio retrospectivo de pacientes con tumores caracterizados a nivel morfológico, inmunohistoquímico y molecular en nuestro laboratorio entre 2014 y 2018, de los que se disponía de plasma extraído en el mismo acto quirúrgico en el que se obtuvo el tejido tumoral. El plasma se almacenó a -30º hasta el momento de la extracción del ctDNA. El panel de NGS aplicado al tejido tumoral en la rutina asistencial cubría 22 genes: EGFR, ALK, ERBB2, ERBB4, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, DDR2, KRAS, PIK3CA, BRAF, AKT1, PTEN, NRAS, MAP2K1, STK11, NOTCH1, CTNNB1, SMAD4, FBXW7 and TP53 (OST DNA. Thermofisher); el de ctDNA cubría 11 genes: ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, KRAS, MAP2K1, MET, NRAS, PIK3CA, ROS1 and TP53 (OL cfDNA Assay. Thermofisher). Se analizó la concordancia de las mutaciones detectadas en el ctDNA y en el tejido tumoral, considerando éste último como gold standard.
RESULTS
Se incluyeron 40 pacientes, 19 con carcinoma colorrectal (CCR) y 21 con carcinoma de pulmón (NSCLC). El 50% de los tumores eran de estadío I-II y el 50% restante de estadío III-IV. La extracción de ctDNA se realizó satisfactoriamente en el 100% de las muestras de plasma, obteniéndose concentraciones de ctDNA de 0,1ng/μL a 2,5ng/μL. Las librerías para NGS se amplificaron con 1,3ng-33ng de ctDNA. Todos los análisis de ctDNA mediante NGS reportaron resultados válidos con sensibilidades entre el 0,02% y el 0,26%. Se observó una relación directamente proporcional entre la concentración utilizada de ctDNA inicial y la sensibilidad del ensayo NGS. Globalmente, la concordancia entre el FFPE y el ctDNA fue del 55%.
Estratificando los pacientes en función de su estadío tumoral, la concordancia entre ambos perfiles moleculares fue del 83,3%, 66,7%, 50% y 14,3% en los estadíos IV, III, II y I, respectivamente. Estos porcentajes mostraron una distribución similar cuando los CCR y los NSCLC se analizaron por separado. El 27,5% de los análisis de ctDNA reportaron alguna mutación no detectada previamente en el tejido tumoral.
CONCLUSION
El estudio mediante NGS del ctDNA demostró un buen rendimiento diagnóstico permitiendo su uso en la práctica clínica. La concordancia entre los perfiles moleculares de FFPE y ctDNA es alta únicamente en los tumores de estadío avanzado. Asimismo, el estudio de ctDNA permite la detección de nuevas mutaciones no detectadas previamente en el estudio del tumor.
Comunicación oral
XXIX Congreso Nacional de la
Sociedad Española de Anatomía Patológica
Granada, 22-24 de mayo de 2019