Los perfiles moleculares obtenidos tanto de DNA como de RNA tumoral pueden guiar el manejo clínico de los pacientes con cáncer, aportando información para el diagnóstico, pronóstico o para la identificación del tratamiento personalizado potencialmente idóneo en cada paciente, determinando su elegibilidad para la administración de:
- Una terapia dirigida aprobada para su tipo de tumor y perfil molecular.
- Una terapia dirigida disponible para su alteración molecular específica pero aprobada en otro tipo de tumor.
- Una terapia dirigida, disponible sólo en ensayos clínicos con fármacos en desarrollo, para su alteración molecular específica.
Por último, las alteraciones moleculares pueden ser de utilidad en la monitorización de la respuesta a determinados tratamientos dirigidos.
En la actualidad, el estudio del perfil molecular de neoplasias como la de pulmón, colon, ovario, endometrio, vejiga, tiroides y melanoma, entre otras, requiere la caracterización de varios genes diferentes. Los estudios se realizan gen a gen, cada uno con una técnica específica, lo que hace imprescindible disponer de suficiente tejido tumoral de partida para realizar todos los estudios y supone una elevada inversión de tiempo en la realización, análisis e interpretación de cada uno de ellos.
Con el fin de escapar de estas limitaciones, conseguir mejorar los tiempos de respuesta y evitar que la escasa disponibilidad de DNA y/o RNA impida el estudio completo de todos los genes implicados en cada neoplasia se han desarrollado las nuevas tecnologías de Next Generation Sequencing (NGS), conocidas también como técnicas de secuenciación masiva. La NGS permite el estudio de múltiples genes en un único ensayo partiendo de una concentración inicial de DNA o RNA extremadamente baja (10ng) y sus aplicaciones son diversas, permitiendo secuenciar desde el genoma completo del paciente a paneles de genes seleccionados como relevantes según la neoplasia en estudio.
En esta línea, BIOPAT ha implementado recientemente dos paneles de secuenciación masiva. Un primero de DNA que estudia 500 variantes, incluyendo deleciones, inversiones, inserciones y sustituciones en 22 genes (EGFR, ALK, ERBB2, ERBB4, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, DDR2, KRAS, PIK3CA, BRAF, AKT1, PTEN, NRAS, MAP2K1, STK11, NOTCH1, CTNNB1, SMAD4, FBXW7 y TP53) relacionados con diferentes tipos de neoplasias sólidas, que se secuencian de manera simultánea en un único estudio. La información que ofrece la presencia o ausencia de mutaciones en estos genes cubre todo el rango expuesto con anterioridad, así pues, algunos genes son factores diagnósticos de determinadas neoplasias, otros actúan como factores pronóstico y otros como biomarcadores que indican o desaconsejan la administración de diferentes terapias dirigidas.
El segundo panel disponible, estudia el RNA mensajero que expresa el tumor y está enfocado principalmente al estudio de reordenamientos en carcinomas de pulmón. Este panel permite estudiar la presencia de tránscritos de fusión, producto de reordenamientos en los genes ALK, ROS1, RET y NTRK1 de manera simultánea en una única reacción. El perfil molecular resultante permite determinar la idoneidad del paciente a un tratamiento dirigido específico en función de la alteración presente en el tumor.
La implementación de la NGS supone una mejora cualitativa y cuantitativa en el estudio del perfil molecular de los pacientes con cáncer y, en un escenario en constante cambio, en el que periódicamente se amplían el número de genes a estudiar en cada tipo de patología, la NGS es una herramienta flexible e imprescindible en el laboratorio de biología molecular que ofrece unas posibilidades casi ilimitadas de estudiar múltiples genes de manera simultánea.
Se han implementado también paneles para el estudio de mutaciones en los genes BRCA1 y BRCA2, útiles en la orientación de terapia de algunas variantes de cáncer de ovario y mama, además de sus aplicaciones en diagnóstico de síndromes hereditarios y un panel de estudio de DNA tumoral circulante para detección de mutaciones de EGFR (estudios en biopsia líquida). En un futuro próximo está prevista la ampliación de paneles de DNA circulante, de transcriptomas así como de paneles dirigidos el estudio de neoplasias hematológicas.
Dra. Natalia Rodón.
Enero de 2017.